С въвеждането на Управленската информационна система (УИС) се решават следните проблеми:
1. Предотвратява се възможността за загуба на документи. Преди въвеждането на УИС всички документи са се съхранявали предимно на хартиен носител. В момента в Системата са качени електронните досиета на всички проекти, изпълнявани по ОПРР. Тя има функция за възстановяване на изтрита информация (back-up/recovery).
2. Съкращава се значително времето за търсене на документи. Преди въвеждането на УИС търсенето на документи на хартиен носител в някои случаи отнема изключително дълго време, особено за приключили проекти, чиито досиета се намират в архивни помещения. В момента УИС съхранява електронните досиета на всички проекти, включително и на тези, които са приключени. Чрез опциите за проследяване на документи търсенето по проекти става изключително бързо.
3. Предотвратява се възможността за подмяна на оригинални документи, след като даден документ е качен сканиран в електронен вид. В УИС се пазят логове за действията на всеки потребител относно създаване, редактиране и изтриване на документи.
4. Системата предоставя възможност за електронно управление на информационните потоци, свързани с администрирането на проекти по ОПРР, както и съхраняване, обработване и обмен на данни, информация и документи между АПИ и Управляващия орган на ОПРР.